이 사건은 헌법위원회가 최초로 위헌결정을 한 것이다.

1950년 3월 10일 개정된 농지개혁법 제18조 제1항은 농지분배를 받은 자가 정당한 이유없이 상환금을 납입하지 아니하는 때에는 정부가 당해 농지의 반환을 요구하기 위하여 법원에 제소할 수 있다고 규정하면서 이 경우 최종법원을 2심 상급법원까지로 하였다.

헌법위원회는 “법률에 정한 법관에 의하여 법률에 의한 심판을 받을 권리는 헌법 제22조에 명시된 국민의 기본권이고, 헌법 제76조 제2항의 최고법원과 하급법원의 조직을 규정한 법원조직법은 3심제의 대원칙을 확립하여 무릇 소송이 최종심으로서 대법원의 심판을 받는 권리를 인정하고 있다. 그런데 농지개혁법 제18조 제1항 등이 최종심을 2심 상급법원인 고등법원까지로 한 것은 무릇 국민이 최고법원인 대법원의 심판을 받을 수 있는 기본권을 박탈한 것으로서 헌법 제22조, 제76조의 정신에 위반된다.”라고 하여 위헌결정을 하였다.

1950년 6월 25일 한국전쟁이 발발하던 날, 대통령긴급명령 제1호로 공포된 ‘비상사태하의 범죄처벌에 관한 특별조치령’은 1950년 6월 25일 북한 괴뢰집단의 남침으로 인하여 발생한 사태를 비상사태라고 정의한 다음(제2조), 비상사태에 승(乘)하여 살인 · 방화 · 강간 등의 죄를 범한 자에 대하여는 사형에 처하고(제3조), 절도 · 공갈 · 강도 등의 죄를 범하거나 부역행위 등을 한 자에 대하여는 사형 · 무기 또는 10년 이상의 유기징역에 처하도록 하면서(제4조), 제9조에서 동 특별조치령에 규정한 죄의 심판을 단심으로 하고, 지방법원 또는 동 지원의 단독판사가 행한다고 규정하였다.

헌법위원회는 “법률에 정한 법관에 의하여 법률에 의한 심판을 받을 권리는 헌법 제22조에 명시된 국민의 기본권이고, 헌법 제76조 제2항의 최고법원과 하급법원의 조직을 규정한 법원조직법은 3심제의 대원칙을 확립하여 무릇 소송이 최종심으로서 대법원의 심판을 받는 권리를 인정하고 있을 뿐 아니라, 2심제인 행정소송이 또한 그러하고 단심제인 선거소송까지도 최고법원인 대법원의 심판을 받게 한 각 법률규정에 비추어 볼 때, 최종심은 최고법원인 대법원에 통합귀일케 함이 헌법 제22조 및 제76조 제2항의 대정신이다. 그런데 긴급명령으로서 법률의 효력을 가진 ‘비상사태하의 범죄처벌에 관한 특별조치령’ 제9조는 국민이 최고법원인 대법원의 심판을 받는 기본권을 박탈한 것으로서 헌법 제22조 및 제76조의 정신에 위반된다.”라고 하여 위헌결정을 선고하였다.

국가배상법 제2조 제1항 단서는 군인 또는 군속이 전투 · 훈련 기타 직무집행중에서 발생하였거나 군대의 목적상 사용하는 진지 · 영내 · 함정 · 선박 · 항공기 기타 운반기구안에서 발생한 전사 · 순직 · 공상으로 인하여 다른 법령의 규정에 의하여 재해보상금 · 유족일시금 · 유족연금 등을 지급받을 수 있을 때에는 국가배상법이나 민법의 규정에 의한 손해배상을 청구할 수 없다고 규정하였다. 1971년 6월 22일 대법원은 국가배상법 제2조 제1항 단서에 대하여 위헌판결을 하였다.
이에 대하여 대법원은,

“첫째, 군인이나 군속에게 지급되는 재해보상금 등은 군인이나 군속의 복무중의 봉사 및 희생에 대하여 이를 보상하고 퇴직 후의 생활 또는 유족의 생활을 부조함에 그 사회보장적 목적이 있고, 손해배상제도는 불법행위로 인한 손해를 전보하는데 그 목적이 있으므로 양자는 제도의 목적이 다르다. 둘째, 군인연금법 제41조 등에 의하여 불법행위로 인한 손해배상과 같은 성질의 급여가 손해배상과 이중으로 지급되지 않게 하고 있으며, 재해보상금 등은 경찰관이나 일반 공무원에 대하여서도 지급되고 일반공무원에 대하여는 공무원연금법에 의하여 같은 보상제도가 마련되어 있으며, 심지어 사기업의 피용자에게도 근로기준법 등에 의하여 같은 제도가 마련되어 있다. 셋째, 군인이나 군속이 피해자가 된 불법행위사고가 많아서 국고손실이 많으므로 이를 최소한으로 감소 내지 방지한다는 입법이유는 군인이나 군속에 대하여서만 손해배상청구권을 부인하여 그들의 희생 위에 국고손실을 방지하여야 할 이유가 되지 못한다. 넷째, 군인이나 군속이 국가에 대하여 무한정의 위험근무 임무를 부담하는 특별권력관계에 있다고 하여도 다른 공무원의 고의 또는 과실있는 직무상의 위법행위로 인하여 군인 또는 군속이 공무중에 입은 손해는 군인 또는 군속이 복종하는 특별권력관계의 내용이나 근무임무에 당연히 포함되는 희생은 아니다.”라고 하여 위헌판결을 하였다.

국가배상법 제2조 제1항 단서에 관한 대법원의 판결이 기다려지는 가운데 1970년 8월 7일 법원조직법 제59조 제1항이 개정되었다. 구법은 합의심판은 헌법 및 법률에 다른 규정이 없으면 과반수로써 결정한다고 되어 있었는데, 개정법률은 법률 · 명령 또는 규칙이 헌법에 위반함을 인정하는 합의심판을 하는 때에는 대법원판사 전원의 3분의 2 이상의 출석과 출석인원 3분의 2 이상의 찬성으로 결정한다고 규정하였다. 그 개정이유는 국회에서 제정한 법률이나 행정부에서 발한 명령이 헌법에 위반되는지 여부를 결정하는 헌법재판을 일반 민사사건이나 형사사건과 같이 과반수로 결정하는 것은 위헌사항을 너무 경솔히 다룬다는 비판을 면치 못할 것이라는 것이었다. 그러나 실제 배경은 조만간 대법원이 판결하게 될 국가배상법 제2조 제1항 단서에 대한 위헌심사에 대비하여 정부와 여당이 전격적으로 개정한 것이었다. 이에 대하여 대법원은 국가배상법 제2조 제1항 단서에 대한 판결에서 법원조직법 제59조 제1항 단서가 위헌이라고 판시하였다.